AKTS - Biyoenformatik
Biyoenformatik (SE446) Ders Detayları
| Ders Adı | Ders Kodu | Dönemi | Saati | Uygulama Saati | Laboratuar Hours | Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Biyoenformatik | SE446 | Alan Seçmeli | 3 | 0 | 0 | 3 | 5 |
| Ön Koşul Ders(ler)i |
|---|
| N/A |
| Dersin Dili | İngilizce |
|---|---|
| Dersin Türü | Seçmeli Dersler |
| Dersin Seviyesi | Lisans |
| Ders Verilme Şekli | Yüz Yüze |
| Dersin Öğrenme ve Öğretme Teknikleri | Anlatım. |
| Dersin Öğretmen(ler)i |
|
| Dersin Amacı | Bu dersin amacı, büyük miktardaki biyolojik verilerin analizi için gereken hesaplamalı teknikler ile ilgili bilgi ve becerilerin kazandırılmasıdır. Bu derste bioenformatikteki hesaplamalı tekniklerin uygulamaları tanıtılacaktır. |
| Dersin Eğitim Çıktıları |
Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
|
| Dersin İçeriği | DNA ve protein dizilerini hizalama, filogenetik ağaçları, protein yapılarını kestirme, motif bulma, DNA mikroçip veri analizi, gen/protein ağları. |
Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları
| Hafta | Konular | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Temel bilgiler | Bölüm 1,2,3 (ana kaynak) |
| 2 | Dizi hizalama ve analizi | Bölüm 4 |
| 3 | İkişerli dizi hizalama ve veritabanı arama | Bölüm 5 |
| 4 | İkişerli dizi hizalama ve veritabanı arama | Bölüm 5 |
| 5 | Örüntüler, profiller ve çoklu dizi hizalama | Bölüm 6 |
| 6 | Örüntüler, profiller ve çoklu dizi hizalama | Bölüm 6 |
| 7 | Evrimsel geçmişi elde etme | Bölüm 7 |
| 8 | Filogenetik ağaç oluşturma | Bölüm 8 |
| 9 | Diziden ikincil yapıyı elde etme | Bölüm 11 |
| 10 | İkincil yapıyı kestirme | Bölüm 12 |
| 11 | Protein yapılarını modelleme | Bölüm 13 |
| 12 | Kümeleme yöntemleri ve istatistik | Bölüm 16 |
| 13 | Kümeleme yöntemleri ve istatistik | Bölüm 16 |
| 14 | Sistem biyolojisi | Bölüm 17 |
| 15 | Dönem Sonu Sınav çalışmaları | Dönem için konuların tekrarı |
| 16 | Dönem Sonu Sınav çalışmaları | Dönem için konuların tekrarı |
Kaynaklar
| Ders Kitabı | 1. M. Zvelebil and J. O. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science, 2008 |
|---|---|
| Diğer Kaynaklar | 2. N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004 |
| 3. A. M. Lesk, Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press, 2002 | |
| 4. D. Mount, Bioinformatics: Sequence and genome analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001 | |
| 5. T. Jiang, Y. Xu, and M. Zhang, eds. Current Topics in Computational Molecular Biology, MIT press, 2002 |
Değerlendirme System
| Çalışmalar | Sayı | Katkı Payı |
|---|---|---|
| Devam/Katılım | - | - |
| Laboratuar | - | - |
| Uygulama | - | - |
| Alan Çalışması | - | - |
| Derse Özgü Staj | - | - |
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | - | - |
| Ödevler | 1 | 20 |
| Sunum | - | - |
| Projeler | 1 | 30 |
| Rapor | - | - |
| Seminer | - | - |
| Ara Sınavlar/Ara Juri | 1 | 20 |
| Genel Sınav/Final Juri | 1 | 30 |
| Toplam | 4 | 100 |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notu Katkısı | 70 |
|---|---|
| Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 30 |
| Toplam | 100 |
Kurs Kategorisi
| Temel Meslek Dersleri | X |
|---|---|
| Uzmanlık/Alan Dersleri | |
| Destek Dersleri | |
| İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri | |
| Aktarılabilir Beceri Dersleri |
Dersin Öğrenim Çıktılarının Program Yeterlilikleri ile İlişkisi
| # | Program Yeterlilikleri / Çıktıları | Katkı Düzeyi | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | ||
| 1 | Matematik, fen bilimleri ve kimya mühendisliği disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimine sahip olur ve bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisi kazanır. | |||||
| 2 | Karmaşık kimya mühendisliği problemlerini saptar, tanımlar, formüle eder ve çözme becerisi kazanır. Bu amaçlara uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçer ve uygulayabilir. | |||||
| 3 | Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlar. Bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygular. | |||||
| 4 | Kimya Mühendisliği uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirir, seçer ve kullanır. Bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanır. | |||||
| 5 | Karmaşık mühendislik problemlerinin veya kimya mühendisliği disiplinine özgü araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlar, deney yapar, veri toplar, sonuçları analiz eder ve yorumlar. | |||||
| 6 | Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilme becerisi ve bireysel çalışma becerisi kazanır. | |||||
| 7 | Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurar ve en az bir yabancı dil bilgisi kazanır. Etkin rapor yazar ve yazılı raporları anlar, tasarım ve üretim raporları hazırlar. Etkin sunum yapabilme, açık ve anlaşılır talimat verme ve alma becerisi kazanır. | |||||
| 8 | Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilincini edinir; bilgiye erişir, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izler ve kendini sürekli yeniler. | |||||
| 9 | Etik ilkelerine uygun davranır, mesleki ve etik sorumluluk bilinci edinir; kimya mühendisliği uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi sahibi olur. | |||||
| 10 | Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi edinir. Girişimcilik, yenilikçilik hakkında fikir sahibidir ve sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi sahibi olur. | |||||
| 11 | Kimya mühendisliği uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi sahibidir. Mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık sahibidir. | |||||
ECTS/İş Yükü Tablosu
| Aktiviteler | Sayı | Süresi (Saat) | Toplam İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Ders saati (Sınav haftası dahildir: 16 x toplam ders saati) | 16 | 3 | 48 |
| Laboratuar | |||
| Uygulama | |||
| Derse Özgü Staj | |||
| Alan Çalışması | |||
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi | 16 | 2 | 32 |
| Sunum/Seminer Hazırlama | |||
| Projeler | |||
| Raporlar | |||
| Ödevler | 3 | 5 | 15 |
| Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği | |||
| Ara Sınavlara/Ara Juriye Hazırlanma Süresi | 2 | 10 | 20 |
| Genel Sınava/Genel Juriye Hazırlanma Süresi | 1 | 15 | 15 |
| Toplam İş Yükü | 130 | ||